大きなカテゴリーでくくってしまえば、テディベアもぬいぐるみであることに変わりはありません。
ただ、テディベアと呼ばれるもののほとんどは
・首、手・足をジョイントや糸でつなぎ可動する
・使用している材料が高級である
・手作りである
この３つの条件を満たしていることが多いです。

＊ジョイントとは

広く知られているのはこのような形式のものですが、これを使うときはかなり力がいるので最近はお手軽なプラスチック製のものも出ています。
ジョイントを使って手、足、首を動かせるようにするのです。
（実際の使用方法は「テディベアのつくり方」をご覧ください）

たとえばダッフィーを例にしてみると、

こちらはぬいぐるみ。

こちらはテディベアです。

ぬいぐるみの方は
・首・手・足を縫いつけてしまっている
・使用している布が高級素材ではない
・量産品
であるのに対し、テディベアの方は
・首･手･足にジョイントを使用している
・使用している布はモヘアなどの高級素材である
・職人による手作り品
です。

ただ、テディベアブームが過ぎ去りテディベア人気が下降してきた数年前あたりから「テディベアフェスティバル」などであみぐるみ・羊毛フェルトで作られたベアも出展されるようになってきて、
「テディベアって何？」
と改めて自分に問いかける機会が増えてきました・・・。